De Sint Ignatius kerk werd gebouwd vanaf 1622 om op 21 Juli 1647 ingewijd te worden. In 1737 werd de kerk platgebrand.

Tussen 1748 en 1750 werd de Sint Ignatius kerk herbouwd onder leiding van architect Tomas Žebrauskas. Hoekkapellen werden opgeworpen en er werden nieuwe altaren geplaatst. De verziering werd onder andere aangebracht door de beeldhouwers Mykolas Šykas (1714-1746), Jokūbas Grimas (1737-1773). Het grote altaar werd versierd met een afbeelding van Sint Ignatius, gemaakt door S. Čekavičius. De kerk werd voorzien van nieuwe gipspleisterafgietsels en schilderijen.

In het tweede deel van de 19de eeuw, werden de gebouwen gereconstrueerd. De ramen werden versmald aan beide kanten en werden herschikt. Ook vormen van het dak werd veranderd. Later werd de kerk in gebruik genomen als filmzaal. Sinds november 2004 wordt de kerk weer gebruikt voor de heilige mis.