De Karaites zijn, met ongeveer 150 personen, de kleinste religieuze samenleving in Vilnius. De Karaites zijn oorspronkelijk afkomstig van de Krim en bevinden zich al sinds 1397 in Litouwen. Ze zijn destijds met groothertog Vytautas meegekomen naar Litouwen om hem te beschermen en te bedienen. Deze ongeveer 400 karaites hebben zich destijds in Trakai gevestigd, op de plaats waar Vytautas woonde. Momenteel leven er ongeveer 150 Karaites in Vilnius en 250 in Trakai.

De Karaiten spreken nog steeds hun eigen taal, welke afgeleid is het van het Turks. Hun godsdienst bevat elementen van het Jodendom en de Islam. Het woord "Karaite" betekent "ik lees (de bijbel)".

De Kenessa tempel is gebouwd in 1922 – 1923 in de Moorse stijl.

Tijdens de Sovjetbezetting werd de Kenessa tempel gebruikt als opslagplaats, maar deze is inmiddels weer in gebruik genomen voor gebed.