De Sint Nicolaas kerk (Šv. Mikalojaus bažnyčia) is de oudste bestaande kerk in Litouwen. Deze gotische kerk is gebouwd in 1320 door Duitse kooplieden, nog voordat Litouwen zich in 1387 definitief tot het Christendom bekeerde.

Groothertog Gediminas, Litouws leider van 1315 tot 1341, nodigde vele kooplieden, kunstenaars en ambachtslui uit om in Vilnius te komen wonen. Zij kregen vele privileges en vrijheid van godsdienst. Ook kwamen diverse monniken naar Litouwen, waaronder de Franciscanen.

In de kerk is een zilveren 16^e eeuwse afbeelding van de heilige Nicolaas. Het rode gotische gebouw is zeer bescheiden maar behaaglijk.

Het kerkhof en de omheiding stammen uit het begin van de 19^e eeuw.

Tijdens de Poolse bezetting van Vilnius van 1920 tot 1939, was de Sint Nicolaas kerk de enige bidplaats waar mensen mochten samenkomen.