Utena, één van de oudste steden in Litouwen, is sterk verwant met het kasteel Narkunai dat vaak wordt vermeld in de kronieken van de Ridders van het zwaard. In een brief van koning Mindaugas uit 1261, werd aanvankelijk een houten kasteel beschreven langs de rivier Utenėlė. Volgens het verhaal, werd dit kasteel gebouwd door hertog Utenis. De inwoners vernoemde het centrale plein in Utena en de regionale krant naar deze hertog.

Utena is ontstaan langs de rivier Utenėlė in de 14de eeuw. In 1416 vestigde zich kooplui en vakmannen in het gebied en werd de eerste kerk gebouwd. Tijdens kruistochten werden Utena en zijn omgeving zwaar verwoest. Dit gold ook voor het kasteel van hertog Utenis, dat in 1433 vernietigd werd.

De aanleg van een verkeersweg tussen Warschau, Kaunas, Daugavpils (Letland) en Sint Peterburg in 1835 was voor de ontwikkeling van Utena van groot belang. Er werd een groot postkantoor gevestigd. Nadat in 1889 de spoorweg tussen Švenčionys en Panevėžys was aangelegd veranderde het aanzicht van de stad snel. De groei van Utena was begonnen. Omdat de vele huizen te dicht bij elkaar werden gebouwd, werd in 1879 tijdens een grote brand driekwart van de stad verwoest. In 1893 werd een kleine drankfabriek gebouwd. Hieruit is het huidige ”Utenos gėrimai” voortgekomen. Dit is een van de bekendste bierproducenten uit Litouwen.

Tot aan de Eerste Wereldoorlog was Utena het regionale centrum voor Noordoost Litouwen. In 1924 kreeg Utena stadsrechten en werd een burgemeester aangesteld.

Utena was een kleine stad tot aan de Eerste Wereldoorlog. Op dat ogenblik waren er ongeveer 700 huizen, maar werden er spoedig 400 nieuwe huizen bijgebouwd.

Vlak voor de Tweede Wereldoorlog was het inwonertal van Utena gestegen tot 7000, maar in 1941 zijn 4000 mensen door de Duitse bezetters geëxecuteerd. Het duurde 20 jaar voordat Utena weer op hetzelfde aantal burgers zat als voor de oorlog. Ook werd tijdens de oorlog meer dan de helft van de gebouwen geruïneerd of verbrand.

De groei van Utena startte nadat in 1960 de installatie van een fabriek voor elektrische kachels was voltooid. Hierna kwamen er diverse nieuwe bedrijven die gespecialiseerd waren in kleding, bier, vlees, melk etc. Door de industrie groeide de stad, die momenteel ongeveer 33.000 inwoners telt.